Mrtvá rostlinná hmota je velmi obtížně stravitelná a jen několik živočišných skupin se jí dokáže živit. Rostlinná pletiva jsou tvořena mimořádně odolnými biopolymery, jako je lignin a celulóza, kvůli nimž je dřevní hmota nestravitelná pro většinu živočichů a obtížně kolonizovatelná pro mikroorganismy. Ideální kombinací je asociace mezi hmyzem, jež rozmělňuje rostlinou hmotu díky čemuž vzrůstá poměr mezi povrchem a objemem hmoty, a mikroorganismy, které jsou schopné asimilovat organickou hmotu do formy dostupné energie a jednoduchých živin. Proto řada dekompozitorů žije v permanentním vztahu s mikrobiálními společenstvy. Takováto symbióza je vskutku výhodná pro obě strany, jelikož mikroorganismy nalézají ve střevě stabilní podmínky pro život a kontinuální přísun potravy, zatímco hostitelé získávají část energie a živin vyprodukovaných během dekompozice lignocelulózové matrice.
Symbionti termitího střeva pochází ze tří domén: Archaea, Eubacteria a Eukaryota, a členové alespoň dvou z těchto domén jsou vždy přítomní v zadním střevě termitů. Bičíkovci se nacházejí u všech „nižších“ termitů, stejně tak jako u dřevožravých švábů rodu Cryptocercus, zatímco u Termitidae chybí. Morfologie střeva a složení mikrobiomu je daleko složitější u „vyšších“ termitů a nejkomplikovanější je u hlínožravých termitů.
Známé funkce endosymbiontů termitů jsou následující: (1) Rozklad sacharidových polymerů (celulóza, hemicelulózy) na kratší řetězce, které jsou dále zpracovány termity nebo dalšími endosymbionty; (2) absorpce kyslíku a udržování hypoxického prostředí kvůli fermentaci lignocelulózy; (3) recyklace dusíkatých odpadních látek a poskytování substrátů bohatých na dusík i za cenu fixace vzdušného dusíku; (4) acetogenní eliminace vodíku; (5) rozklad ligninu a degradace vzniklých aromatických sloučenin (demethylace, deacetylace, dekarboxylace) ; (6) trávení proteinových komponentů humusu u hlínožravých termitů.
Vztah termitů a jejich endosymbiotických střevních mikroorganismů je atraktivním tématem, zejména díky pokrokům v technologii NGS (next generation sequencing) a díky snaze využít symbionty v komerčních fermentačních komorách, kde by měli přeměňovat mrtvou rostlinnou hmotu v metan nebo v biomasu s vysokým obsahem dusíku. Zatímco vztahy mezi termity a jejich endosymbionty patří mezi často studovaná témata, výzkum ektosymbiontů je teprve v plenkách, s výjimkou notoricky známého případu hub pěstovaných termity podčeledi Macrotermitinae (Termitidae) a hub Termitomyces spp. (Basidiomycetes: Agaricales). Termiti jsou však známi pro schopnost aktivně měnit své prostředí, a dokážou též měnit společenstva mikroorganismů vyskytujících se v jejich okolí, a to podporou specifických linií mikroorganismů a potlačováním jiných. To samé platí o termitích hnízdech, kde dokáže přežívat jen malá část z mikroorganismů nalézaných v tropickém prostředí. My studujeme tyto fenomény pomocí terénních experimentů a sekvenování environmentálních vzorků různého původu s nadějí, že porozumíme významu jednotlivých členů s termity asociovaného mikrobiomu.